Новый Патриарх Московский и всея Руси будет выбран на Поместном Соборе Русской Православной Церкви, который  состоится 27-29 января 2009 г. Ему будет предшествовать Архиерейский Собор, который пройдёт 25-26 января. На нём должны быть утверждены рекомендации по порядку выборов Патриарха, которые выдвинул Священный Синод Русской Православной Церкви на своём заседании 24 декабря 2008 г.
Синод предложил, чтобы выборы патриарха Московского и всея Руси на Поместном Соборе проводились тайным голосованием. Кроме того, как сообщает официальный сайт Московского Патриархата, Синод рекомендовал Архиерейскому Собору определить тайным голосованием трех кандидатов на патриарший престол (из числа архиереев старше 40 лет, имеющих высшее богословское образование и опыт управления епархией). Согласно решению Синода, кандидаты на патриарший престол могут быть выдвинуты и на Поместном Соборе, причем кандидатуры также должны определяться посредством тайного голосования.
На заседании Синода были также одобрены проекты повестки дня, программы и регламента Архиерейского и Поместного Соборов. Интронизация нового Патриарха намечена на 1 февраля 2009 г..
Кроме того, на состоявшемся 24 декабря 2008 г. заседании Священного Синода был одобрен и утвержден текст особого прошения, предложенного Комиссией по подготовке Поместного Собора Русской Православной Церкви для возношения на Сугубой ектении Божественной литургии до окончания Поместного Собора во всех храмах Русской Православной Церкви:
«Призри, Всеблагий Владыко, на предстоящий Собор архипастырей, пастырей и верных чад Твоих, во еже благоугодно совершити им устроение Церкве нашея, и подати им духа премудрости и разума, духа страха Божия, духа благочестия и ревности о славе имене Твоего Святаго; огради же их от всяких искушений, соблазнов и разделений, да непреткновенно в любви и единомыслии совершат они избрание Первосвятителя Церкве нашея, молимся Тебе, Всещедрый Господи, услыши и помилуй».